UAM-Ixachi: Desktop Tool for Massive Automated Molecular Docking

Authors

  • A. Suárez-Alonso Universidad Autónoma Metropolitana Unidad Iztapalapa
  • A. Giacoman Martínez Universidad Autónoma Metropolitana Unidad Iztapalapa
  • E. F. Alarcón-Villaseñor Adyderma Medical International Institute https://orcid.org/0009-0009-9320-9308
  • L. D. Herrera-Zúñiga Universidad Autónoma Metropolitana Unidad Iztapalapa
  • F. J. Alarcón-Aguilar Universidad Autónoma Metropolitana Unidad Iztapalapa

DOI:

https://doi.org/10.29356/jmcs.v69i1.2299

Keywords:

Molecular docking, virtual screening, CADD, in silico simulation, drug design

Abstract

The molecular docking has become a powerful computational tool for new drug research and design, playing a key role in predicting interactions between drug-related ligands and their potential target proteins. However, molecular docking and virtual screening simulation software currently available require researchers to make numerous configurations and navigate unintuitive menus, necessitating significant process optimization. The present work used existing tools for molecular docking, designing a set of coherent computational programs among themselves, with the aim of expediting work with many ligands and target proteins, and simplifying the simulations performed simultaneously, making these techniques accessible to researchers with limited computational skills. The aim was to design an open-source tool, free and simple to use for the academic community, through the URL: https://1drv.ms/f/s!AiwrqGMGvesstXgOcz3Hn1Q2mfI9?e=903be7,  offering a robust format for the presentation of results, conceptualized as a massive report of rows and columns that facilitates the management and interpretation of a large amounts of data.

 

Resumen. La simulación de acoplamiento molecular se ha convertido en una poderosa herramienta computacional para el descubrimiento y diseño de fármacos, desempeñando un papel fundamental en la predicción de las interacciones de unión entre ligandos de interés farmacológico y sus dianas potenciales. Sin embargo, los programas de simulación de acoplamiento molecular y cribado virtual disponibles en la actualidad requieren que los investigadores realicen numerosas configuraciones y naveguen por menús poco intuitivos, lo que hace necesario eficientizar y acelerar significativamente este proceso. Este trabajo utilizó las herramientas existentes para simulación de acoplamiento molecular, para diseñar un conjunto de programas computacionales coherentes entre sí, buscando agilizar el trabajo con una gran cantidad de ligandos y proteínas, y simplificar las simulaciones realizadas simultáneamente, facilitando el acercamiento de estas técnicas a investigadores poco instruidos en informática. El objetivo fue diseñar una herramienta de código abierto, gratuito y simple de usar para la comunidad académica, a través de la URL https://1drv.ms/f/s!AiwrqGMGvesstXgOcz3Hn1Q2mfI9?e=903be7, ofreciendo un formato robusto de presentación de resultados, conceptualizado como un reporte masivo de filas y columnas que facilita el manejo y la interpretación de la gran cantidad de datos obtenidos.

Downloads

Download data is not yet available.

Author Biographies

A. Suárez-Alonso, Universidad Autónoma Metropolitana Unidad Iztapalapa

Laboratorio de Farmacología, Departamento de Ciencias de la Salud, División de Ciencias Biológicas y de la Salud.

A. Giacoman Martínez, Universidad Autónoma Metropolitana Unidad Iztapalapa

Laboratorio de Farmacología, Departamento de Ciencias de la Salud, División de Ciencias Biológicas y de la Salud.  

Escuela Superior de Medicina del Instituto Politécnico Nacional, Laboratorio de Señalización Intracelular, Sección de Posgrado.

E. F. Alarcón-Villaseñor, Adyderma Medical International Institute

Adyderma Medical International Institute

L. D. Herrera-Zúñiga, Universidad Autónoma Metropolitana Unidad Iztapalapa

Área Académica de Bioquímica. Departamento de Química. División de Ciencias Básicas e Ingeniería.

F. J. Alarcón-Aguilar, Universidad Autónoma Metropolitana Unidad Iztapalapa

Laboratorio de Farmacología, Departamento de Ciencias de la Salud, División de Ciencias Biológicas y de la Salud.

References

Prieto-Martínez, F. D.; Arciniega, M.; Medina-Franco, J. L. Tip Rev. Esp. Ciencias Químico-Biol. 2018, 21. DOI: https://doi.org/10.22201/fesz.23958723e.2018.0.143.

Shoichet, B. K.; McGovern, S. L.; Wei, B.; Irwin, J. J. Curr. Op. Chem. Biol. 2002, 6, 439-446. DOI: https://doi.org/10.1016/s1367-5931(02)00339-3.

Bello, M. Rev. Digital Universitaria. 2021, 22, 5. DOI: https://doi.org/10.22201/cuaieed.16076079e. DOI: https://doi.org/10.22201/cuaieed.16076079e.2021.22.6.5

Kitchen, D. B.; Decornez, H.; Furr, J. R.; Bajorath, J. Nat. Rev. Drug Discov./Nat. Rev. Drug Disc. 2004, 3, 935-949. DOI: https://doi.org/10.1038/nrd1549.

Stanzione, F.; Giangreco, I.; Cole, J. C., in: Progress in Medicinal Chemistry. 2021, 60, 273-343. DOI: https://doi.org/10.1016/bs.pmch.2021.01.004.

Morris, G. M.; Lim-Wilby, M., in: Methods in Molecular Biology. 2008, 443, 365-382. DOI: https://doi.org/10.1007/978-1-59745-177-2_19.

Rarey, M.; Kramer, B.; Lengauer, T.; Klebe, G. J. Mol. Biol. 1996, 261, 470-489. DOI: https://doi.org/10.1006/jmbi.1996.0477.

Brooijmans, N.; Kuntz, I. D. Ann. Rev. Bioph. Biomol. Struct. 2003. 32, 335-373. DOI: https://doi.org/10.1146/annurev.biophys.32.110601.142532.

Morris, G. M.; Goodsell, D. S.; Halliday, R. S.; Huey, R.; Hart, W. E.; Belew, R. K.; Olson, A. J. J. Comp. Chem. 1998, 19, 1639-1662. DOI: https://doi.org/10.1002/(sici)1096-987x(19981115)19:14. DOI: https://doi.org/10.1002/(SICI)1096-987X(19981115)19:14<1639::AID-JCC10>3.0.CO;2-B

Agu, P. C.; Afiukwa, C. A.; Orji, O. U.; Ezeh, E. M.; Ofoke, I. H.; Ogbu, C. O.; Ugwuja, E. I.; Aja, P. M. Sci. Rep. 2023, 13, 13398. DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-023-40160-2.

Paucara, W. G. B.; Torrez, R. E. G. Rev. CON-CIENCIA. 2019, 7, 55-72.

Feinstein, W. P.; Brylinski, M. J. Cheminform. 2015, 7, 18. DOI: https://doi.org/10.1186/s13321-015-0067-5.

Singh, M.; Malhotra, L.; Haque, M. A.; Kumar, M.; Tikhomirov, A.; Litvinova, V.; Korolev, A. M.; Ethayathulla, A.; Das, U., Shchekotikhin, A. E.; Kaur, P. Biochimie. 2021, 182, 152-165. DOI: https://doi.org/10.1016/j.biochi.2020.12.024.

Guan, Y.; Jiang, S.; Ye, W.; Ren, X.; Wang, X.; Zhang, Y.; Yin, M.; Wang, K.; Tao, Y.; Yang, J.; Cao, D.; Cheng, Y. Cell Death Dis. 2020, 11, 948. DOI: https://doi.org/10.1038/s41419-020-03153-x.

Choowongkomon, K.; Sawatdichaikul, O.; Songtawee, N.; Limtrakul, J. Receptor- Mol./Molecules Online/Mol. Ann. 2010, 15, 4041-4054. DOI: https://doi.org/10.3390/molecules15064041.

Arba, M.; Ihsan, S.; Ramadhan, L. O. A. N.; Tjahjono, D. H. Comp. Biol. Chem. 2017, 67, 9-14. DOI: https://doi.org/10.1016/j.compbiolchem.2016.12.005.

Asnawi, N. A.; Aman, L.; Nursamsiar, N.; Yuliantini, N. A.; Febrina, N. E. Rasayan J. Chem. 2022, 15, 1352-1361. DOI: https://doi.org/10.31788/rjc.2022.1526769.

Roy, S.; Ali, A.; Bhattacharya, S. J. Phys. Chem. B. 2021, 125, 5489-5501. DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.0c10991.

Giacoman-Martínez, A.; Alarcón-Aguilar, F. J.; Zamilpa, A.; Huang, F.; Romero-Nava, R.; Román-Ramos, R.; Almanza-Pérez, J. C. Can. J. Physiol. Pharmacol. 2021, 99, 935-942. DOI: https://doi.org/10.1139/cjpp-2021-0027.

Dong, L.; Shen, S.; Chen, W.; Xu, D.; Yang, Q.; Lu, H.; Zhang, J. J. Chem. Inf. Model. 2019, 59, 4374-4382. DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jcim.9b00479.

Song, Y.; Lim, J.; Seo, Y. H. 2019. Eur. J. Med. Chem. 164, 263-272. DOI: https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2018.12.056.

Taherkhani, A.; Moradkhani, S.; Orangi, A.: Jalalvand, A.; Khamverdi, Z. Res. J. Pharmacognosy. 2021, 8, 37-51. DOI: https://doi.org/10.22127/rjp.2021.288366.1705.

Gentile, F.; Oprea, T. I.; Tropsha, A.; Cherkasov, A. Chem. Soc. Rev. 2003, 52, 872-878. DOI: https://doi.org/10.1039/d2cs00948j.

Medina-Franco, J. L.; Martinez-Mayorga, K.; Gortari, E. F.; Kirchmair, J.; Bajorath, J. F1000Res. 2021, 10, 397. DOI: https://doi.org/10.12688/f1000research.52676.1.

Saldívar-González, F. I.; Prieto-Martínez, F. D.; Medina-Franco, J. L. Educ. Quim. 2017, 28, 51-58. DOI: https://doi.org/10.1016/j.eq.2016.06.002.

Ballón, W.; Grados, R. Rev. Cs. Farm. Y Bioq. 2019, 7, 55-72.

Morris, G. M.; Huey, R.; Lindstrom, W.; Sanner, M. F.; Belew, R. K.; Goodsell, D. S.; Olson, A. J. J. Comp. Chem. 2019, 30, 2785-2791. DOI: https://doi.org/10.1002/jcc.21256.

Forli, S. Raccoon AutoDock VS Preparation Tool. Center For Computational Structural Biology. 2009. https://autodock.scripps.edu/download/376/, accessed in July 2023.

Grosdidier, A.; Zoete, V.; Michielin, O. J. Comp. Chem. 2011, 32, 2149-2159. DOI: https://doi.org/10.1002/jcc.21797.

De Vries, S. J.; Van Dijk, M.; Bonvin, A. M. J. J. Nat. Prot. 2010, 5, 883-897. DOI: https://doi.org/10.1038/nprot.2010.32.

Yan, Y.; Zhang, D.; Zhou, P.; Li, B.; Huang, S. Nucleic Acids Res. 2017, 45, 365-373. DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkx407.

Lyskov, S.; Gray, J. J. Nucleic Acids Res. 2008, 36, 233-238. DOI: https://doi.org/10.1093/nar/gkn216.

McRee, D. E., in Elsevier eBooks. Practical Protein Crystallography, 1999. DOI: https://doi.org/10.1016/b978-0-12-486052-0.x5000-3. DOI: https://doi.org/10.1016/B978-012486052-0/50007-5

Morris, G. M.; Goodsell, D. S.; Pique, M. E.; Lindstrom, W.; Huey, R.; Forli, S.; Hart, W.; Halliday, S.; Belew, R.; Olson, A. User Guide. AutoDock Version 4.2. 2014. autodock.scripps.edu, https://autodock.scripps.edu/wp-content/uploads/sites/56/2021/10/AutoDock4.2.6_UserGuide.pdf, accessed in July 2023.

Protein Data Bank Protein Data Bank Contents Guide: Atomic Coordinate Entry Format Description. 2010. http://www.wwpdb.org/documentation/file-format-content/format33/v3.3.html, accessed in July 2023.

Huey, R.; Morris, G. M.; Olson, A. J.; Goodsell, D. S. J. Compl. Chem. 2007, 28, 1145-1152. DOI: https://doi.org/10.1002/jcc.20634.

Vieira, T. F.; Sousa, S. F. Appl. Sci. 2019, 9, 4538. DOI: https://doi.org/10.3390/app9214538.

Fischer, A.; Smieško, M.; Sellner, M.; Lill, M. A. J. Med. Chem. 2021, DOI: 2489-2500. DOI: https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.0c02227.

García Nieto, J.M.; López Camacho, E.; García Godoy, M.J.; Nebro, A.J.; Durillo, J.J.; Aldana Montes, J.F., in ANTS 2016: 10th International Conference on Swarm Intelligence, Bruxelles, Belgique: Springer, 2016, 40-52. http://hdl.handle.net/10630/12124. DOI: https://doi.org/10.1007/978-3-319-44427-7_4

Golovko, T.; Min, R.; Lozovaya, N.; Falconer, C. J.; Yatsenko, N.; Tsintsadze, T.; Tsintsadze, V.; Ledent, C.; Harvey, R. J.; Belelli, D.; Lambert, J. J.; Rozov, A.; Burnashev, N. Cereb. Cortex. 2014. 25, 2440-2455. DOI: https://doi.org/10.1093/cercor/bhu045.

Forli, S.; Huey, R.; Pique, M. E.; Sanner, M. F.; Goodsell, D. S.; Olson, A. J. Nat. Prot. 2016. 11, 905-919. DOI: https://doi.org/10.1038/nprot.2016.051.

Coleman, R. G.; Carchia, M.; Sterling, T.; Irwin, J. J.; Shoichet, B. K. PloS One. 2013. 8, e75992. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0075992.

Friesner, R. A.; Banks, J. L.; Murphy, R. B.; Halgren, T. A.; Klicic, J. J.; Mainz, D. T.; Repasky, M. P.; Knoll, E. H.; Shelley, M.; Perry, J. K.; Shaw, D. E.; Francis, P.; Shenkin, P. S. J. Med. Chem. 2004, 47, 1739-1749. DOI: https://doi.org/10.1021/jm0306430.

Thompson, M.A. Molecular Docking Using ArgusLab, an Efficient Shape-Based Search Algorithm and the A Score Scoring Function. ACS Meeting, Philadelphia. 2004.

Bitencourt-Ferreira, G.; de Azevedo, W. F., Methods Mol. Biol. 2019, 2053, 203-220. DOI: 10.1007/978-1-4939-9752-7_13. DOI: https://doi.org/10.1007/978-1-4939-9752-7_13

Thomsen, R.; Christensen, M. H. J. Med. Chem. 2006, 49, 3315-3321. DOI: https://doi.org/10.1021/jm051197e.

Trott, O.; Olson, A. J. J. Comp. Chem. 2009, 31, 455-461. DOI: https://doi.org/10.1002/jcc.21334.

Jones, G.; Willett, P.; Glen, R. C.; Leach, A. R.; Taylor, R. J. Mol. Bio. 1997, 267, 727-748. DOI: https://doi.org/10.1006/jmbi.1996.0897.

Minibaeva, G.; Ivanova, A.; Polishchuk, P. J. Cheminform. 2023, 15, 102. DOI: https://doi.org/10.1186/s13321-023-00772-2.

×

Downloads

Additional Files

Published

2025-01-01
x

Similar Articles

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 > >> 

You may also start an advanced similarity search for this article.

Loading...